Vedúca: RNDr. Zuzana Čiamporová-Zaťovičová, PhD.
Vnútrodruhová diverzita ukrytá v NGS dátach
Intraspecific diversity hidden in NGS data
V súčasnosti sa čoraz väčšej popularite v komunite biológov a ekológov teší základný aj aplikovaný výskum založený na analýze objemných genetických dát (DNA metabarkóding, analýza eDNA, aDNA, atď…) a možnosti ich využitia napr. v monitoringu vodných ekosystémov, či detekcii inváznych druhov. DNA metabarkóding (masívne paralelné sekvenovanie novej generácie pre molekulárnu identifikáciu viacerých taxónov v komplexnej vzorke) sa využíva najmä na získavanie údajov o druhovom zložení celých spoločenstiev, čím sa ale často prehliada informácia o vnútrodruhovej rozmanitosti. Poznanie vnútrodruhovej diverzity však zohráva kľúčovú úlohu v populačno-genetických, či fylogeografických štúdiách, kde nám pomáha formulovať hypotézy o zdrojoch diverzity, šírení jednotlivých druhov, či izolovanosti ich populácií. Aj keď využitie NGS (Next Generation Sequencing) dát na získavanie informácií o vnútrodruhovej diverzite zatiaľ nie je celkom bežné, je veľkým prísľubom do budúcnosti aj v oblasti biomonitoringu, keďže nám dokáže poskytnúť informácie o viacerých úrovniach diverzity naraz.
Cieľom práce je zosumarizovať dostupné publikované údaje o využívaní NGS dát na detekciu vnútrodruhovej diverzity a na reálnom NGS datasete získanom z vodného biotopu vyhodnotiť vnútrodruhovú variabilitu dominantných druhov živočíchov.
Kľúčové slová: vnútrodruhová diverzita, NGS, metabarkóding, haplotypy, vodné bezstavovce
Literatúra:
Elbrecht, V., Vamos, E.E., Steinke, D., Leese, F. 2018. Estimating intraspecific genetic diversity from community DNA metabarcoding data. PeerJ 6:e4644.
Leese, F., Bouchez, A., Abarenkov, K., Altermatt, F., Borja, Á., Bruce, K., Ekrem, T., Čiampor Jr., F., Čiamporová-Zaťovičová, Z., Costa, F.O., Duarte, S., Elbrecht, V., Fontaneto, D., Franc, A., Geiger, M.F., Hering, D., Kahlert, M., Kalamujic Stroil, B., Kelly, M., Keskin, E., Liska, I., Mergen, P., Meissner, K., Pawlowski, J., Penev, L., Reyjol, Y., Rotter, A., Steinke, D., van der Wal, B., Vitecek, S., Zimmermann, J., Weigand, A.M. 2018. Why We Need Sustainable Networks Bridging Countries, Disciplines, Cultures and Generations for Aquatic Biomonitoring 2.0: A Perspective Derived From the DNAqua-Net COST Action. Advances in Ecological Research, 58: 63-99.
Turon, X., Antich, A., Palacín, C., Præbel, K., Wangensteen, O.S. 2020. From metabarcoding to metaphylogeography: separating the wheat from the chaff. Ecological Applications 30(2): e02036.
