Vedúca: RNDr. Zuzana Čiamporová-Zaťovičová, PhD.

Referenčná databáza DNA barkódov vodnej fauny tatranských jazier – stav, limity a vypĺňanie medzier

DNA barcodes reference library of aquatic fauna of Tatra lakes – status, limits and filling the gaps

Vnútrozemské vody Európy, vrátane špecifických vodných ekosystémov (napr. alpínske plesá), sú dlhodobo pod silným antropogénnym tlakom. Hodnotenie ich kvality a diverzity ich spoločenstiev je v súčasnosti založené primárne na morfologickej determinácii vodných organizmov, čo obnáša množstvo úskalí. Ako možné riešenie takýchto nedostatkov sa v súčasnosti testujú vysoko výkonné metódy genetického skríningu (eDNA metabarkóding).

Kľúčovou podmienkou aplikovania tejto metódy biologického hodnotenia v praxi, ako aj pre vedecké účely, je existencia robustných referenčných knižníc DNA barkódov (napr. databáza BOLD). Napriek existujúcim barkódingovým iniciatívam stále existujú výrazné medzery v pokrytí vodnej bioty Európy referenčnými molekulárnymi dátami, vrátane lokálnej vnútrodruhovej variability.

Ciele: Na základe publikovaných údajov a analýzy dát v rámci databázy BOLD vyhodnotiť stav referenčnej databázy DNA barkódov vodných bezstavovcov ľadovcových jazier v Tatrách s dôrazom na vodné dvojkrídlovce, identifikovať nedostatky a v rámci praktickej časti práce medzery vyplniť.

Kľúčové slová: DNA barkóding, referenčná databáza, COI, genetická diverzita, vodné bezstavovce, dvojkrídlovce, alpínske plesá

Literatúra:

Bitušík, P., Kopáček, J., Stuchlík, E. & Šporka, F. (eds) 2006. Limnology of lakes in the Tatra Mountains. Biologia 61/Suppl. 18, 221 pp.

Leese, F., Bouchez, A., Abarenkov,
 K., Altermatt, F., Borja, Á., Bruce, K., Ekrem, T., Čiampor Jr., F., Čiamporová-Zaťovičová,
 Z., Costa, F.O., Duarte, S., Elbrecht,
 V., Fontaneto, D., Franc, A., Geiger,
M.F., Hering, D., Kahlert, M., Kalamujic Stroil, B., Kelly, M., Keskin, E., Liska,
 I., Mergen, P., Meissner, K., Pawlowski, J., Penev, L., Reyjol, Y., Rotter,
 A., Steinke, D., van der Wal, B., Vitecek, S., Zimmermann, J., Weigand, A.M.
 2018. Why We Need Sustainable Networks Bridging Countries, Disciplines, Cultures and Generations for Aquatic Biomonitoring 2.0: A Perspective Derived From the DNAqua-Net COST Action. Advances in Ecological Research, 58: 63-99.

Šporka, F., Bitušík, P., Bulánková, E., Cséfalvay, R., Čejka, T., Derka, T., Elexová, E., Halgoš, J., Hamerlík, L., Illéšová, D., Jäch, M.A., Kodada, J., Košel, V., Krno, I., Novikmec, M. & Zaťovičová, Z. 2003. Slovak Aquatic Macroinvertebrates, Checklist and Catalogue of Autecological Notes. Slovenský hydrometeorologický ústav, Bratislava, 590s., ISBN 80-88907-37-3.

Weigand, H., Beermann, A.J., Čiampor, F., Costa, F.O., Csabai, Z., Duarte, S., Geiger, M.F., Grabowski, M., Rimet, F., Rulik, B., Strand, M., Szucsich, N., Weigand, A.M., Willassen, E., Wyler, S.A., Bouchez, A., Borja,
 A., Čiamporová-Zaťovičová, Z., Ferreira, S., Dijkstra, K.-D.B., Eisendle, U., Freyhof, J., Gadawski, P., Graf, W., Haegerbaeumer, A., van der Hoorn, B.B., Japoshvili, B., Keresztes, L., Keskin, E., Leese, F., Macher, J.N., Mamos, T., Paz, G., Pešić, V., Pfannkuchen, D.M., Pfannkuchen, M.A., Price, B.W., Rinkevich,
 B., Teixeira, M.A.L., Várbíró, G. Kamp; Ekrem, T. 2019. DNA barcode reference libraries for the monitoring of aquatic biota in Europe: Gap-analysis and recommendations for future work. Science of the Total Environment 678 (2019) 499–524.